午後はマムンと打ち合わせ。ICE2016のポスターをひとまず作ってみたようで、それについて基本的なことを指摘する。正方形で作らなければならないらしい。あまり好きではないサイズだが国際学会だと結構ある。論文紹介はhardらしい。そんな難しそうなのを持っ…

マムン核のPCR。どうやらやや不調のようだ。いろいろ条件を変えて試すように伝える。明日はマムンと打ち合わせ。 インドシナ半島について生物地理をまとめている。その内部での違いについては、あまり例がないように思われる。そこにわずかながら貢献できそ…

マムンのために雑種形成の検証について調べなければならない。そしてその手法を習得しなければならない、マムンのために。SNPとかかな（もうわからん）。 図がほぼ完成。MP、ML、BIの系統樹、年代推定、系統と分布。DDBJからの返事は早かったので、すぐに終…

マムンの核データが出てきた。狙いはわずか一箇所。その部分の塩基がどっちになっているかが重要。 年代。ラフな推定や近似尤度なんとかをやって進める。配列登録も投稿した。LWRhは複数のコーディング領域があるから面倒だ。毎回スタッフとのやりとりで進め…

覚醒したマムンのデータが挙がってきている。紹介する論文はBMCのやつを持ってきている。 Annalsの件はメールが来て、open accessではないとのこと。プレスリリースのために1カ月だけ見られるようにしていいるらしい。なんにせよ安心した。2000〜3000ドルも…

午後はマムンと打ち合わせ。やる気を持てあましている模様（たぶん）。関連する論文をレヴューしたいらしい。マムン覚醒。 MLはGarliでいこう。PhyMLはわからん。Garliはなんとか走ったので（速い！）、こんな自分でもできるかもしれない。partitionをなんと…

マムンが、毎週discussionしましょうよ！と申し出てきた。関連する論文を読んでいて、次の論文にどう活かしていこうか話し合いたいんです！とも。マムンついに・・・。 topoisomerase1のシーケンスが順調だ。これだけあれば、フクラミシリアゲの多分岐の問題…

マムンは今日ゼミに出ていた、という報告。 partitionfinderがなんとか走った。examplesに入れてやる方が無難なのかな。90タクサ、2300bp、5遺伝子を扱っていて、解析のスピードを見積もってみると、5時間くらいかかりそうなので明日もう一度解析をやり直そ…

マムンがシーケンス発注のサンプルを準備できたという。きれいに読めるといいんだが。 今回はpartitionを細かく設定してMLとBIをやろう。少しずつ新たな解析手法を習得していきたい。アメリカの連中に追いつくのだ。

マムン実験。15サンプルのうち5サンプルだけで結果が得られたという。これまでのやつと合わせて来週は精製とシーケンス発注に進もうと励ましました。マムン待望の週末。マムンが帰り際にわざわざ部屋に来て、月曜は休みですよね、火曜から来ていいですよね、…

こそっと部屋に入ってきて、今日はいい状態のサンプルでやってみる、とだけ言って出ていくマムン。 昆蟲にカンボジアのアリ調査が掲載されます。偏った部分があるかもしれませんが、意外とレアな国カンボジアのことが少しでも伝われば幸いです。細石真吾．20…

マムンがとうとう核の領域を始めた。LWRhだけであるが、とっても重要な部分があるのだ。早速、ほとんど増えませんでしたという落ち込み気味のネガティヴ報告（マムンの十八番）。まだまだこれから！ マムンのために年代推定したりネットワーク出したりする。…

マムンの本日の実験は、実験室に人がたくさんいてゴニョゴニョ・・・ということであった。そんなことをわざわざ言いに来なくていいのに。 12Sのシーケンスのデータが届く。やっぱり思っていた通りだが、クレードのサポートが低く、核もちょっとやらないとい…

マムンは無事に投稿できたらしい。来月や再来月の予定を少し話す。帰国の日程やポスター作成、新たな実験について。あかん、マムンが一時帰国するとマムン日記が途絶えてしまう。 アメリカの予定は、航空券とホテル7泊で15万円で済んだらしい（ドヤ顔だった…

マムンが何度も部屋に来て、投稿の仕方について聞いてくる。オンライン投稿の様々なフォームが分からないようだ。refereeを数人選ぶのも手伝いました。無事済んだだろうか。原稿にはあまり手を入れておらず、マムン自身が改善していってほしい。うまくいくと…

マムンからチキンとマトンのビリヤニをもらう。美味しく頂きます。 どうも最近は系統地理のアプローチになってしまう。近縁種の記載だけでもいいけど（見る人は非常に限られる）、分子を用いて解析してばかりいる。東南アジアと南アジアといった広い範囲を扱…

マムンがアメリカ行きの往復航空券のinvoiceを見せてきた。とても安かったです、と言っているが、10万ドルとある。さすがマムン、金持ちだなあ〜（おまえは都知事か！ファーストクラスか！）と思うが、$の横にJPYとも書いてあって、おそらく10万円らしい。事…

マムンから明日は午後から大学に来ますというメール。やっと新月になりました。最近の事件についてのお悔やみも。 cytbの片方は見事に失敗。こっち側は厳しいのを忘れていた。CB1やCB2を使ったのはもう6,7年前だった。CB3とCB4は良好で既にシーケンス済み。C…

マムンから修正した原稿をメールで受け取る。その数分後にはマムンは帰途についている（車のエンジンがかかる）。 分岐年代推定用のデータを全部整理して終わった。後はこれを解析するだけ。ボニ―の設定そのままなので、ほぼその間の値が出てくるであろうが…

マムンは今日はいない・・・。金曜日だから。 と思っていたら、マムンから原稿を添付したメールが届いた。まるでラボにいるかのようにして、時間がきたら自動送信しているのか。 シーケンスの残りを追加してネットワーク解析。これはヤバい。当初思ったより…